Плагин работает в одной валюте, иначе он не сможет сравнивать цену закупки, высчитывать наценку.
Но чтобы понимать другие валюты в прайсах есть настройка, которая конвертирует валюту прайса в основную валюту магазина.
Соответственно и сохранять новую цену продажи и закупки для артикула магазина плагин будет в основной валюте.